「It makes sense」の意味は「筋がとおっている」です。
この表現は相槌を打つのに便利なフレーズです。
相手が何か言ったことに対して「なるほどね」という意味として使えます。
他の使い方もできます。
相手の言ってることが良くわからなかったら、「It doesn't make sense」
これは相手の言ってることが意味不明の時です。
相手に自分の言いたいことが伝わってるか確かめたい時には「Does it make sense?」
自分の言ったことが伝わってるか不安なときはこのように確かめるのがいいかもしれません。
例) Can you explain it again? It doesn't make sense.