「take your time」の意味は「ゆっくりでいいよ」です。
直訳は「自分の時間を取って」になります。
この表現においては直訳したほうが理解しやすいかもしれませんね。
使う場面は色々あると思います。
特に仕事や学校で言われたら安心する一言ですよね。
仕事も勉強も自分のペースでやることが大事と思いますから。
他にも遅刻しそうになった相手に言ったりと使う機会は多そうです。
例)A:I'm sorry, I'm going to be late.
B: No problem, take your time.